Hi-C技术哪家强，BioMarker事实来说话
等你点蓝字关注都等出蜘蛛网了
继基因组之后，Hi-C又来圈粉了～小编细数了2017年发表的基因组文章，Hi-C的身影已经很常见，山羊、埃及伊蚊、野生二粒小麦、大麦、苦荞、榴莲等基因组均借助Hi-C挂载至染色体水平（基因组+Hi-C，高质量参考基因组的保障）；小编又在nature官网输入Hi-C，仅2018年4月份就有21篇Hi-C互作文章（后基因组时代，解析物种三维空间构象），这个火爆程度，小编为你打call～
Hi-C相对于PacBio、10X Genomics、Chicago等技术难度较高，主要难点在于建库，大多数公司在建库这一环节就已经被排除门外，有些公司虽然能做但也可能需要多次建库，故而收费较高。作为高通量测序行业的领航者，我们致力于将Hi-C打造成类似于转录组一样的产品，成为功能基因研究的最佳帮手。
BMK Hi-C标准建库流程已申请国家专利
Hi-C文库制备流程主要包括甲醛交联、细胞裂解、内切酶酶切、末端修复及生物素标记、片段连接、捕获带生物素标记的片段、文库质检等步骤。Hi-C文库质量受多种因素影响，如细胞裂解剧烈程度、细胞裂解期间的蛋白酶抑制剂含量等，Hi-C文库质量直接影响后续的有效数据产出。
首先，通过甲醛将蛋白质与DNA进行交联，利用过量的甘氨酸等中止剩余甲醛的反应；其次进行细胞裂解，释放“蛋白质-DNA复合物”再利用六碱基酶（如Hind III，获得更多的长距离交互片段）或者四碱基酶（如Dpn II，具有更高的分辨率）进行酶切；随后对酶切片段进行末端修复、加生物素标记，将空间位置上相邻的片段连接成环；蛋白质-DNA复合物解交联，通过超声波打碎，捕获带有生物素标记的DNA片段；对捕获的DNA片段建库、测序。
图1 Hi-C文库制备过程
近100%的Hi-C建库成功率
众所周知，Hi-C难点在于文库构建，百迈客一直保持着近100%的建库成功率；植物物种资源丰富，次生代谢物种类较多，建库难度大，尽管如此，BMK依旧能维持一次建库成功率在97%以上，不仅如此，凭借一定的技术优势和项目经验，BMK已经帮助客户解决了某些Hi-C“疑难杂症”，并最终助力客户的科研进展；于此同时，BMK在动物和微生物Hi-C方面也保持着近100%的建库成功率。
表1 Hi-C建库成功率
远超行业标准的Hi-C有效数据
合格的Hi-C文库对于提升有效数据量具有重要作用，因此有效Hi-C数据量的高低会直接反映Hi-C文库建库质量的高低，主要从Invalid Interaction Pairs和Valid Interaction Pairs含量对Hi-C数据进行评估。Invalid Interaction Pairs主要主要包含自连类型（Self-circle Ligation），末端悬挂类型（Dangling Ends）、相邻连接类型（Re-ligation）和其他丢弃的类型（Dumped）。Valid Interaction Pairs在30%以上即认为数据合格，根据已有项目经验，多种植物对应文库的Valid Interaction Pairs均值在70%以上，麦类等基因组复杂的物种Valid Interaction Pairs均值也在30%以上，药用植物等次生代谢物丰富的物种Valid Interaction Pairs均值也已经达到在75%及以上水平；动物样品文库的Valid Interaction Pairs均值在60%，最高达86.68%；真菌样品文库的Valid Interaction Pairs平均值在72%，最高达84.6%。
表2 Valid Interaction Pairs比率
高比例的染色体挂载率
在辅助基因组组装之前，首先利用Hi-C数据对基因组进行纠错，再利用纠错后的数据进行染色体群组的划分、排序和定向，并对组装结果进行评估。Hi-C辅助基因组组装的优势在于不需要构建群体，单个体即可完成，且定位效率比遗传图谱更高，还可以对已组装的基因组进行纠错。染色体挂载率受基因组组装质量、测序深度等影响，根据已有项目经验，大多数物种二代或者三代组装的基因组挂载率都可以达到90%以上。
表3 染色体挂载率
超全面的三维构象研究内容
Hi-C 除了用于辅助基因组组装、对已组装的基因组进行纠错，还可以揭示基因组的三维结构特征，包括从隔室（A/B Compartments）到拓扑相关结构域（TAD），再到染色体环（loop），以及多样本三维结构差异分析，包括Compartment A/B、TAD和Loop差异鉴定与分析，还可以与ChIP-seq、DNase-seq（或ATAC-seq）、WGBS、WGS和RNAseq等联合分析。
图2 Hi-C互作分析流程
Hi-C作为三维基因组学分析前沿技术，越来越受到广大科学研究者的青睐，也由此延伸出一系列相关技术，如BL-Hi-C、CHi-C、DLO Hi-C等。百迈客作为三维基因组研究领域的佼佼者，一直致力于Hi-C技术的优化，如Hi-C标准建库流程已申请国家专利，已完成上百个物种的Hi-C研究，拥有相当丰富的项目经验，值得信赖！
今天的话题就聊到这了，想了解更多Hi-C信息的老师还可以在下方留言或点击下方链接查看......
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